הרב לורד יונתן זקס היה דמות בעלת שם עולמי. מכון יונתן זקס באוניברסיטת בר-אילן פועל להבטיח שרעיונותיו וגישתו ימשיכו להיחקר, להיות מופצים, ולהשפיע – הן בישראל והן ברחבי העולם.
המכון תומך בפעילות אקדמית המתמקדת בכתביו ובמחשבתו של הרב זקס, כמו גם בעבודות השרויות בהשראת עולמו הרעיוני ובנושאים שאליהם הקדיש תשומת לב. דגש מיוחד ניתן למחקר המשלב בין המסורת הדתית היהודית לבין רעיונות ואתגרים חברתיים ופוליטיים בני-זמננו – הן בהקשר של מדינת ישראל והעם היהודי, והן ביחס לחברה הכללית.