תוכנית יוקרתית לתואר ראשון בפוליטיקה, פילוסופיה יהודית וכללית, וכלכלה (PPE) – על פי המודל של התוכנית היוקרתית באוניברסיטת אוקספורד – אושרה על ידי המועצה להשכלה גבוהה. התואר משקף את תרומתו האינטלקטואלית הייחודית של הרב יונתן זקס. התוכנית מופעלת על ידי המחלקה למדעי המדינה בשיתוף עם המחלקות לכלכלה, לפילוסופיה יהודית ולפילוסופיה כללית.

מכון יונתן זקס פיתח קורסים בינתחומיים בנושאים כגון: "יהדות ודמוקרטיה", "כלכלה ויהדות", "דת ופוליטיקה", וכן קורסים העוסקים בהגותו החברתית והפוליטית של הרב זקס.

שתי מלגות לימוד נתרמו בנדיבות על ידי קרן משפחת ג'רלד וגייל רונסון עבור סטודנטים מהפריפריה החברתית־כלכלית בישראל.