מכון יונתן זקס באוניברסיטת בר-אילן הוקם במטרה לקדם את העיסוק במחשבתו של הרב זקס בכל רמות השיח האקדמי והאינטלקטואלי, ולפתח דור חדש של מנהיגים בישראל המונחים בחזונו.
המשימה האקדמית של המכון היא לשלב את רעיונותיו של הרב זקס בדיון המחקרי, האינטלקטואלי ובשיח הציבורי־מדיני, ובמיוחד בסוגיות חברתיות עכשוויות. המכון ישמש כמרחב אקדמי שבו חוקרים והוגים ממגוון תחומים וגישות יוכלו לעסוק לעומק ברעיונותיו, להעשיר את השיח המדעי ולהעמיק את ההבנה הציבורית.
משימת פיתוח המנהיגות של המכון מבקשת לבנות רשת מגוונת של בוגרים מצטיינים שיוכלו להשפיע על החברה הישראלית. הרב זקס ראה בישראל – הנמצאת בצומת של קהילות ומערכות אמונה שונות – מקום ייחודי להדגים כיצד זהויות אוניברסליות וייחודיות יכולות לדור בכפיפה אחת. באמצעות למידה אקדמית קפדנית, מפגש בין־חברי, ופעילות במרחב החברתי־אזרחי, ירכשו תלמידי המכון כלים מעשיים ליישום ערכים אלו בתפקידי המנהיגות העתידיים שלהם.
המכון מגייס את עוצמת המגוון על מנת לקדם את חזונו של הרב זקס למנהיגות חברתית – כזו שמכילה גם שונות וגם אחדות. על ידי טיפוח קשרים מעמיקים החוצים גבולות תרבותיים ודתיים, המכון מטפח מנהיגים שיוכלו לחזק את הדמוקרטיה הישראלית ואת הלכידות החברתית, ולהפוך את אתגר המגוון למקור של חוסן לאומי.
