ד״ר נתנאל פישר מכהן כמרצה בכיר במחלקה למדע המדינה באוניברסיטת בר־אילן (מאז 2025).  במקביל, הוא מכהן בתכנית העמיתים ע״ש הרב לורד יונתן זקס (2025–2026).

את עבודת הדוקטור במדע המדינה השלים באוניברסיטה העברית בירושלים (2012). לאחר הדוקטורט היה עמית מחקר באוניברסיטת פנסילבניה (UPenn), באוניברסיטת מישיגן–אן ארבור, ובאוניברסיטה הפתוחה. טרם הצטרפותו לבר־אילן כיהן כראש החוג למדיניות ציבורית במרכז האקדמי שערי מדע ומשפט, הוד השרון. ד״ר פישר זכה במענקי מחקר מקרן הזיכרון לתרבות יהודית (MFJC) ומה־Israel Institute,  וכן בפרס המאמר המצטיין של Middle Eastern Studies  לשנת 2017 (עם ד״ר אבי שילון).

לצד פעילותו האקדמית, כיהן כיו״ר המינהל הקהילתי גנים בירושלים (2013–2022) וייעץ לשרים ולחברי כנסת בתחומי מומחיותו. במסגרת זו היה חבר בצוות הייעוץ של המשרד לשירותי דת שגיבש את הצעת חוק רפורמת הגיור (2022).

מחקריו מתמקדים ביחסי דת–מדינה, בפוליטיקה הישראלית ובעמיות יהודית; בדגש על מדיניות הגיור של ישראל, אתניות, הגירה ועלייה. ד״ר פישר מלמד קורסים לתואר ראשון ולתארים מתקדמים בנושאי דת–פוליטיקה, הגירה ועלייה, ושלטון מקומי.