המחתרת והמרי כגורם בחיי האומות
המכון לחקר מחתרות ע"ש מנחם בגין פועל במסגרת הפקולטה למדעי היהדות באוניברסיטת בר-אילן. מטרתו של המכון היא לחקור את תופעות המחתרת והמרי כגורם בחיי אומות, מניעיהם וסיבותיהן ולהתחקות אחר דרכי ארגונן ופעילותן של מחתרות וזיקתן לגורמים שמחוץ להם. המכון מעודד מחקרים השוואתיים בין התפתחויות וגילויים של מחתרות שפעלו בתקופות שונות אך בנסיבות דומות. המכון מתמקד בעיקר במחתרות בעם היהודי בארץ ישראל ובמזרח התיכון.
המכון פועל באופנים שונים לשם תמיכה ועידוד במחקרים, בין היתר באמצעות הענקת מלגות ומענקי מחקר לתלמידות ותלמידי מחקר וכן לחוקרות וחוקרים ותיקים; תמיכה בפרסומים; עריכת ימי עיון והרצאות שוטפות לאורך השנה וכנסים מדעיים ייחודיים לקהילה האקדמית, ליחידות צה"ל ולציבור הרחב.
הוקם בשנת 1979 בתרומת דוד ורנה צימנד.