המכון לחקר מחתרות ע"ש מנחם בגין פועל במסגרת הפקולטה למדעי היהדות באוניברסיטת בר-אילן. המכון לחקר מחתרות נועד בכדי לחקור את תופעות המחתרת והמרי כגורם בחיי אומות, מניעיהם וסיבותיהן ולהתחקות אחר דרכי ארגונן ופעילותן של מחתרות וזיקתן לגורמים שמחוץ להם. המכון מעודד מחקרים השוואתיים בין התפתחויות וגילויים של מחתרות שפעלו בתקופות שונות אך בנסיבות דומות. המכון מתמקד בעיקר במחתרות בעם היהודי בארץ ישראל ובמזרח התיכון.
המכון פועל באופנים שונים לשם תמיכה ועידוד במחקרים, בין היתר באמצעות הענקת מלגות ומענקי מחקר לתלמידות ותלמידי מחקר וכן לחוקרות וחוקרים ותיקים; תמיכה בפרסומים; עריכת ימי עיון והרצאות שוטפות לאורך השנה וכנסים מדעיים ייחודיים לקהילה האקדמית, ליחידות צה"ל ולציבור הרחב.
הוקם בשנת 1979 בתרומת דוד ורנה צימנד.
ספרים שראו אור בתמיכת המכון בשנים האחרונות
הראש של חמאס: היהודים, הציונות ומדינת ישראל בהגות של השיח' יוסף אלקרדאוי
מורדים במלכות: אלימות פוליטית יהודית בעשור הראשון
ערבים במחתרת: תולדות החתרנות הערבית בראשית המאה העשרים
UNSCOP and the Arab-Israeli Conflict: The Road to Partition
מלחמת חרבות ברזל: שלוש נקודות מבט
מלחמת חרבות ברזל: שלוש נקודות מבט
ב- 2 ביולי קיימה המחלקה ללימודי המזה"ת בשיתוף המכון לחקר מחתרות ע"ש בגין כנס אקדמי בהשתתפות השגריר מארק רגב, יו"ר רע"ם ח"כ מנסור עבאס והעיתונאית סמדר פרי
דברו איתנו
