1. מרגלית שילה, נסיכה או שבוייה? החוייה הנשית של היישוב הישן 1840 - 1914, חיפה: אוניברסיטת חיפה וזמורה ביתן, 2002.

2. מרגלית שילה, הקול הנשי הירושלמי: כתבי למדניות מן המאה התשע-עשרה, ירושלים: מרכז דינור, והאוניברסיטה העברית, 2004.

3. מרגלית שילה, אתגר המגדר, נשים בעליות הראשונות, תל-אביב: ספריית הילל בן שחר, הקיבוץ המאוחד, 2007.

4. מרגלית שילה, המאבק על הקול: נשות היישוב וזכות הבחירה 1917 – 1926, ירושלים: יד בן צבי, 2013.

5. מרגלית שילה, נשים בונות אומה: הפרופסיונליות העבריות 1918 -  1948, ירושלים: כרמל, 2022.

6. מרגלית שילה, ראשית ההתישבות הציונית בארץ ישראל ומבט מגדרי נוסף, ירושלים: מכון שוקן, 2022.

7. מרגלית שילה, המחוקקות הראשונות ומעמד האשה בראשית המדינה 1949 – 1951, ירושלים: מאגנס, 2025.

8. מרגלית שילה (עורכת) להיות אשה יהודייה, דברי הכנס הבינלאומי הראשון: אשה ויהדותה, ירושלים, 2000.

9. מרגלית שילה רות קרק וגלית חזן רוקם (עורכות), העבריות החדשות, נשים ביישוב ובציונות בראי המגדר, ירושלים: יד בן צבי, 2002.

10. מרגלית שילה (עורכת) להיות אשה יהודייה,  קובץ ב' , דברי הכנס הבינלאומי השני אשה ויהדותה, ירושלים, 2003.

11. מרגלית שילה וגדעון כץ (עורכים),  מגדר בישראל, מחקרים חדשים על מגדר ביישוב ובמדינה, א – ב, כרך נושא עיונים בתקומת ישראל, 2011.

12. מרגלית שילה, איל כתבן ורות הלפרין-קדרי (עורכים), חוק אחד ומשפט אחד לאיש ולאשה, נשים זכויות ומשפט בשנות המנדט, רמת-גן: הוצאת אוניברסיטת בר אילן, 2011.  

13.   Margalit Shilo, Princess or Prisoner?  Jewish Women in Jerusalem 1840 - 1914, Brandeis University Press, 2005

14.  Margalit Shilo, Girls of Liberty: The Struggle for Suffrage in Mandatory Palestine, Brandeis University Press, Waltham Mass, 2016