מרכז מנומדין משמש ליבה חיה למגוון פעילויות אקדמיות שעניינן קידום הידע, החשיבה המקורית והעיון הביקורתי במגוון הסוגיות הנוגעות להגדרה החוקתית של מדינת ישראל. במסגרת זו מרכז מנומדין תומך בחוקרות ובחוקרים מן הקהילה האקדמית הישראלית, העוסקים במחקריהם בשאלות של זהות ישראלית, דת ומדינה, רוב ומיעוט, משפט עברי, תיאוריה חוקתית, רב-תרבותיות ועוד; מארח מרצים וחוקרים אורחים ממוסדות מחקר מובילים ברחבי העולם; מכנס קבוצות לימוד ומחקר על נושאים משתנים; ומארגן ימי עיון וסימפוזיונים אקדמיים על נושאים מחקריים מגוונים. מרכז מנומדין גם שואף לכונן קהילה אקטיבית ומגוונת של תלמידות ותלמידים, הניזונים מתוצרי המרכז, מייצרים תוכן מקורי במסגרתו, ופעילים בערוציו השונים.