בדומה למכונים אוניברסיטאיים רבים, במשך השנים עמדו בראש המכון בזה אחר זה מספר חברי הסגל של האוניברסיטה שעסקו בתחום. את המכון יסד פרופ' אברהם חיים רובינשטיין ביחד עם ד"ר זרח ורהפטיג שעמד לימינו במלאכת הקליטה של ארכיונים ואוספים שמכילים תעודות, פרטיכלים, יומנים, תמונות והתכתבויות שונות הן מאנשים שונים והן ממוסדות שונים ששוכנו בארכיון. כלל החטיבות עוסקות בנושאים הקשורים בציונות הדתית- אישיה, מוסדותיה וארגוניה.

לאחר פרישתו של פרופ' אברהם רובינשטיין עמדו בראש המכון האנשים הבאים: פרופ' מרדכי אליאב, פרופ' יהושע קניאל, פרופ' גרשון בקון, פרופ' יהודה פרידלנדר, פרופ' יהושע שוורץ, פרופ' משה אורפלי, פרופ' ג'ודי תידור באומל שוורץ, פרופ' אלה בלפר. כיום עומד בראש המכון  פרופ' דב שוורץ.